2004 ਵਿੱਚ ਅੰਮ੍ਰਿਤਸਰ ਦੇ ਸਾਂਸਦ ਬਣਨ ਮਗਰੋਂ ਸਿੱਧੂ ਨੇ ਪਟਿਆਲਾ ਦੇ ਬਜਾਏ ਗੁਰੂ ਨਗਰੀ ਅੰਮ੍ਰਿਤਸਰ ਵਿੱਚ ਹੀ ਰਹਿਣ ਦਾ ਫੈਸਲਾ ਕੀਤਾ। 2007 ਵਿੱਚ ਸਿੱਧੂ 'ਤੇ ਚੱਲ ਰਹੇ ਰੋਡ ਰੇਜ ਦੇ ਕੇਸ ਵਿੱਚ ਅਦਾਲਤ ਵੱਲੋਂ ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੂੰ ਸਜ਼ਾ ਸੁਣਾਈ ਗਈ। ਇਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਸਿੱਧੂ ਨੇ ਪਹਿਲਾਂ ਅਸਤੀਫਾ ਦਿੱਤਾ ਤੇ ਬਾਅਦ ਵਿੱਚ ਆਤਮ ਸਮਰਪਣ ਕਰ ਦਿੱਤਾ।
ਇਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਉਹ ਇੱਕ ਦਿਨ ਪਟਿਆਲਾ ਜੇਲ੍ਹ ਵਿੱਚ ਵੀ ਰਹੇ। ਫਿਰ ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੇ ਅਦਾਲਤ ਵਿੱਚ ਅਰਜ਼ੀ ਲਾਈ ਕਿ ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੂੰ ਮੁੜ ਚੋਣ ਲੜਨ ਦੀ ਇਜਾਜ਼ਤ ਦਿੱਤੀ ਜਾਵੇ। ਅਦਾਲਤ ਨੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੀ ਸਜ਼ਾ 'ਤੇ ਰੋਕ ਲਾ ਕੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੂੰ ਚੋਣ ਲੜਨ ਦੀ ਇਜਾਜ਼ਤ ਦੇ ਦਿੱਤੀ ਤੇ ਸਿੱਧੂ ਕਾਂਗਰਸੀ ਉਮੀਦਵਾਰ ਤੇ ਪੰਜਾਬ ਦੇ ਵਿੱਤ ਮੰਤਰੀ ਸੁਰਿੰਦਰ ਸਿੰਗਲਾ ਨੂੰ ਹਰਾ ਕੇ 2007 ਵਿੱਚ ਮੁੜ ਅੰਮ੍ਰਿਤਸਰ ਦੇ ਸਾਂਸਦ ਬਣੇ। 2009 ਦੀਆਂ ਚੋਣਾਂ ਵਿੱਚ ਫਿਰ ਸਿੱਧੂ ਨੂੰ ਭਾਜਪਾ ਵੱਲੋਂ ਮੈਦਾਨ ਵਿੱਚ ਉਤਾਰਿਆ ਗਿਆ ਤੇ ਸਿੱਧੂ ਨੇ ਕਾਂਗਰਸ ਦੇ ਉਮੀਦਵਾਰ ਓਮ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ ਸੋਨੀ ਨੂੰ ਕਰੀਬ 6700 ਵੋਟਾਂ ਨਾਲ ਹਰਾਇਆ।
ਇਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਸ਼ੁਰੂ ਹੋਇਆ ਡਾਕਟਰ ਨਵਜੋਤ ਕੌਰ ਸਿੱਧੂ ਦਾ ਸਿਆਸੀ ਸਫਰ। ਨਵਜੋਤ ਕੌਰ ਸਿੱਧੂ ਡਾਕਟਰ ਸਨ ਤੇ ਉਹ ਪਟਿਆਲਾ ਦੇ ਹੀ ਸਰਕਾਰੀ ਹਸਪਤਾਲ ਵਿੱਚ ਡਾਕਟਰੀ ਕਰਦੇ ਸਨ। ਫਿਰ ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੇ ਫੈਸਲਾ ਕੀਤਾ ਕਿ ਉਹ ਵੀ ਅੰਮ੍ਰਿਤਸਰ ਵਿੱਚ ਨਵਜੋਤ ਸਿੱਧੂ ਦੇ ਨਾਲ ਹੀ ਰਹਿਣਗੇ। ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੇ ਆਪਣੀ ਬਦਲੀ ਅੰਮ੍ਰਿਤਸਰ ਵਿੱਚ ਕਰਵਾ ਲਈ।
2012 ਦੀਆਂ ਪੰਜਾਬ ਵਿਧਾਨ ਸਭ ਚੋਣਾਂ ਵਿੱਚ ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੇ ਆਪਣੀ ਸਰਕਾਰੀ ਨੌਕਰੀ ਤੋਂ ਅਸਤੀਫਾ ਦੇ ਕੇ ਭਾਜਪਾ ਵੱਲੋਂ ਅੰਮ੍ਰਿਤਸਰ ਦੀ ਪੂਰਬੀ ਸੀਟ ਤੋਂ ਚੋਣ ਲੜਨ ਦਾ ਫੈਸਲਾ ਕੀਤਾ ਤੇ ਜਿੱਤ ਵੀ ਹਾਸਲ ਕੀਤੀ। ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੂੰ ਪੰਜਾਬ ਸਰਕਾਰ ਵਿੱਚ ਮੁੱਖ ਸੰਸਦੀ ਸਕਤੱਰ ਬਣਾਇਆ ਗਿਆ।
ਇਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਨਵਜੋਤ ਸਿੰਘ ਸਿੱਧੂ ਤੇ ਨਵਜੋਤ ਕੌਰ ਸਿੱਧੂ ਨੇ ਪੰਜਾਬ ਸਰਕਾਰ ਖਿਲਾਫ ਖੁੱਲ੍ਹ ਕੇ ਬੋਲਣਾ ਸ਼ੁਰੂ ਕਰ ਦਿੱਤਾ। 2014 ਦੀਆਂ ਲੋਕ ਸਭਾ ਚੋਣਾਂ ਵਿੱਚ ਸਿੱਧੂ ਦੇ ਥਾਂ ਅਰੁਣ ਜੇਤਲੀ ਨੂੰ ਉਮਦੀਵਾਰ ਬਣਾਏ ਜਾਣ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਇਨ੍ਹਾਂ ਦੀ ਨਾਰਾਜ਼ਗੀ ਹੋਰ ਵਧ ਗਈ। ਇਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਨਵਜੋਤ ਸਿੰਘ ਸਿੱਧੂ ਤੇ ਡਾਕਟਰ ਨਵਜੋਤ ਕੌਰ ਸਿੱਧੂ ਨੇ ਭਾਜਪਾ ਦੀ ਮੁਢਲੀ ਮੈਂਬਰਸ਼ਿਪ ਤੋਂ ਅਸਤੀਫਾ ਦੇ ਦਿੱਤਾ।
23 ਨਵੰਬਰ ,2016 ਨੂੰ ਡਾਕਟਰ ਸਿੱਧੂ ਨੇ ਕਾਂਗਰਸ ਵਿੱਚ ਜਾਣ ਦਾ ਫੈਸਲਾ ਕੀਤਾਅਤੇ 28 ਨੂੰ ਉਹ ਰਸਮੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਕਾਂਗਰਸ ਪਾਰਟੀ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਹੋਣ ਜਾ ਰਹੇ ਹਨ।